세법은 부동산의 보유 기간에 따라 각종 제도를 차등적으로 운영하고 있다. 예를 들어 양도소득세 세율을 적용할 때 보유 기간이 1년 미만이면 50%, 1~2년 미만이면 40%, 2년 이상이면 9~36%의 세율을 적용한다. 이러한 세율 중 2년 이상 보유 중의 세율이 유리하므로 가급적 보유 기간을 2년 이상으로 맞추는 것이 중요하다. 참고로 보유 기간은 취득 시기와 양도 시기의 기간으로 따지는데 이때 취득 시기나 양도 시기는 일반적으로 잔금 청산일과 등기 접수일 중 빠른 날을 기준으로 따지게 된다.

일단 1가구 1주택자는 기본적으로 3년 이상을 보유하면 되지만 서울, 과천과 5대 신도시 지역은 3년 이상 보유 기간 중 2년 이상을 실제로 거주해야 한다. 이외에도 넓은 평수로 이사를 가는 경우에는 새집을 산 날로부터 1년 내에 구주택을 양도하면 비과세를 적용하는 것도 놓치지 말아야 할 사항이다.

정부는 외환 위기 때 주택 경기 활성화를 통해서 경기를 진작시키기 위해 신축 주택 구입자에게 양도소득세 감면 혜택을 부여했다. 이에 따라 1998년 5월 22일부터 2003년 6월 30일(서울, 과천과 5대 신도시 지역은 2002년 12월 31일)까지의 기간 중에서 특정한 기간 내에 조합원 아파트가 완공되거나 분양권을 가진 사람들이 최초 계약을 했다면 양도소득세가 100% 감면될 가능성이 높다. 따라서 이 당시에 신축 주택을 구입한 사람은 본인이 소유한 주택이 이에 해당되는지 따져보는 것도 세금으로 돈을 벌 수 있는 기회가 된다.

2007년부터 1가구 2주택 상태에서 양도할 경우 비과세를 받지 않으면, 2주택 양도소득세 중과세를 받을 가능성이 높아졌다. 2주택 중과세는 양도소득세 세율이 자그마치 50%이며, 양도 소득세 계산 구조상 장기 보유 특별 공제를 박탈하게 된다. 따라서 2주택 중과세를 적용받게 되면 수익률이 크게 하락하므로 투자자들은 이에 각별히 유의할 필요가 있다. 다만 지방(수도권 읍·면 지역, 광역시권 군 지역 )은 기준시가로 3억원 이하가 되면 2채 이상을 투자해도 중과세를 적용하지 않는다.

현재 보유세인 종합부동산세와 양도소득세 과세는 세대별 단위로 과세를 한다. 따라서 세대별로 합산한 기준시가가 6억원을 넘어서면 주택 종합부동산세를 과세하며, 1세대가 보유한 주택 수에 따라 양도소득세 비과세나 중과세를 적용한다. 따라서 가족이 보유한 주택 수가 2채가 넘어가면서 이런 세금들이 과세되는 경우에는 세대를 분리함으로써 세금을 줄일 수가 있다.

양도세는 개인별 과세이기 때문에 부부 공동 명의로 된 경우 각자 세금을 과세한다. 예를 들어 부부 각자의 지분이 1/2이고 양도차익이 5천만원이라면 각각의 양도차익은 2천5백만원이 되어 단독 5천만원의 세금보다는 적게 나오는 것. 양도소득의 기본 공제(2백50만원)를 각각 받을 수 있으며 양도차익이 반으로 줄어들어 낮은 세율이 적용될 수 있다. 다만 보유세 중 종합부동산세는 세대별로 합산하여 과세하므로 부부 공동 등기를 하더라도 줄일 수 없게 된다.

종합부동산세는 세대별로 합산한 주택의 기준시가가 6억원을 초과하며 과세되는 세금이다. 그리고 이 세금을 부담해야 하는 사람은 매년 6월 1일에 소유권을 가지고 있는 자다. 따라서 양도자는 6월 1일 전에 잔금을 청산하거나 등기를 넘기면 이 세금을 피할 수 있다. 반대로 매수자가 이 세금을 부담하지 않으려면 6월 1일 후에 잔금을 청산하거나 등기를 하면 된다.

가족 간의 거래도 일반인들과의 거래처럼 양도를 할 수 있다. 하지만 유상 거래임이 명백하지 않으면 증여세가 과세된다. 일반적으로 양도소득세 세율이 낮은 경우 증여보다 유리한 양도를 선택할 수 있으나, 대가 관계가 명백해야 하므로 실제 거래대금이 수수되어야 한다. 만일 거래대금 관계를 입증하지 못한다면 증여를 선택해야 하나, 이 경우에는 부담부 증여, 즉 부채와 함께 증여하는 방식을 이용하면 순수한 증여에 대한 증여세보다 세금을 줄일 수 있다.

재개발이나 재건축과 관련해 비과세를 받을 수 있는 경우는 수요 성격이 실수요자에 해당되어야 하며, 투자 수요자의 경우에는 비과세 혜택이 없다. 여기서 실수요자란 1주택을 보유한 상태에서 재건축 등에 들어간 사람을 말한다. 이에 해당할 경우, 공사 중이라면 관리 처분 계획 인가일이나 철거일 중 빠른 날을 기준으로 보유 기간 3년을 갖추었다면 비과세를 해준다. 이외에도 공사 중에 거주용 주택을 한 채 사서 이곳에서 1년 이상 거주하고 이 주택을 재건축 등으로 완공한 후 1년 안에 양도하면 이에 대해서도 비과세를 적용한다.

양도소득세는 두 번의 신고 기회가 있다. 한 번은 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 내에 신고 및 납부를 할 수 있는데 이를 예정 신고라 하며, 이 신고를 하면 산출 세액의 10%를 깎아준다. 양도일이 속한 다음 해 5월 중에 확정 신고를 할 경우는 10% 할인이 적용되지 않는다.