주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익 산정방법에 대해서는 종전부터 소득세법 시행령 제166조제5항(2007.2.28 개정되기 전의 것)의 규정을 두고 있었으나 실지거래가액에 의한 양도차익 산정방법에 대하여는 명문의 규정이 없었습니다.
 
  2007.2.28 소득세법 시행령 개정으로 실지거래가액에 의한 양도차익 산정방법에 대해서도 규정을 신설(소득세법 시행령 제166조제2항)하여 양도차익을 기존건물분 양도차익과 청산금납부분 양도차익으로 구분하여 계산하고 이를 합산하여 전체 양도차익을 산정하도록 하고 있습니다.
 
  아울러 장기보유특별공제액계산을 위한 공제율을 적용함에 있어서 그 보유기간의 계산방법도 직접 시행령에 규정함으로써 명확하게 하였습니다.
 
1. 양도차익의 산정방법
 
 가. 청산금을 납부한 경우
 
    양도차익 = 청산금납부분 양도차익 ＋ 기존건물분 양도차익
 
  1) 청산금납부분 양도차익 = (양도가액 - 기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 납부한 청산금 - 필요경비) × 납부한 청산금 / (기존 건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금)
 
  2) 기존건물분 양도차익 = [(양도가액 - 기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 납부한 청산금 - 필요경비) × 기존 건물과 그 부수토지의 평가액 / (기존 건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 납부한 청산금)] ＋ (기존 건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존 건물과 그 부수토지의 취득가액 - 필요경비)
 
 나 청산금을 지급받은 경우
 
[양도가액 － 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ＋ 지급받은 청산금 - 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 필요경비) × (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액] 

***청산금을 지급받은 경우 지급받은 청산금부분은 양도에 해당되어 신축주택과는 별개로 양도세 과세대상임.

 
 
2. 장기보유특별공제액을 계산하기 위한 보유기간의 계산
 
 장기보유특별공제액 계산의 경우에도 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익에서 각각 공제액을 계산하여 합산하며 공제율을 적용하기 위한 보유기간의 계산은 다음과 같이 한다.
 
 가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간
 
 나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간 : 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

 

                                                                                            출처 : 윤병철님의 글